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Depuis sa version 0.10, publiée ce dimanche 24 mars 2013, Fiona permet de manipuler sans problème les shapefiles 3D (POINTZ , etc.) 

import fiona
c = fiona.open('point3D.shp')
c.schema
{'geometry': '3D Point', 'properties': {u'dip_dir': 'int'}', {u'dip': 'int'}'}}