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Cette thèse a pour objectif de faire le lien entre les dynamiques de végétation et les pratiques agro-sylvo-pastorales dans les Pyrénées sur la longue durée (du Néolithique à nos jours). La discipline choisie est la pédoanthracologie qui permet de réaliser des modèles de reconstitution de la végétation ligneuse incendiée à partir de charbons de bois enfouis dans les sols. Les zones intermédiaires de montagne ont été privilégiées dans ce travail puisqu'elles représentent le lieu de chevauchement de plusieurs activités anthropiques telles que le pastoralisme, l'agriculture et le charbonnage. Pour la première fois la pédoanthracologie est appliquée à la chaîne pyrénéenne : en contexte « hors site » pour la montagne Basque (Pyrénées Atlantiques), le Pays de Sault (Ariège) et le Luchonnais (Haute-Garonne), et en contexte géoarchéologique pour la montagne Cerdane (Pyrénées Orientales). La confrontation avec les données palynologiques, archéologiques et historiques dans le cadre de Programmes Collectifs de Recherches confirme la validité de la démarche pédoanthracologique et permet d'affiner la connaissance des évolutions de la végétation depuis 6000 ans. A une autre échelle de temps, la fiabilité des résultats est mise en avant par la comparaison des données anthracologiques avec les sources historiques de la Réformation du XVIIe siècle. La réalisation d'un protocole de prélèvement des charbons, adapté aux structures géoarchéologiques complexes que sont les terrasses de culture, montre l'intérêt de l'étude des charbons de bois pour donner une première estimation chronologique concernant les paléovégétations par rapport à la construction de terrasses depuis au moins l'Age du Bronze.